Į šešias 2016 m. mokslo premijas pretendavo 24 darbai. Humanitarinių ir socialinių mokslų srityje premija skirta Daliai Emilijai Dilytei-Staškevičienei už darbų ciklą „Kristijono Donelaičio tyrimai (2001–2015)“ ir Dariui Staliūnui už darbų ciklą „Rusijos tautinė politika ir tarpetniniai santykiai XIX a. Lietuvoje (2002–2015)“.

Fizinių mokslų srityje Lietuvos mokslo premijų komisija įvertino Dariaus Abramavičiaus darbų ciklą „Dvimatės koherentinės spektroskopijos teorija – kelias į kvantinės dinaminės tomografijos pažinimą (2001–2015)“, taip pat Valdemaro Razumo bei Gintaro Valinčiaus darbų ciklą „2D- ir 3D-struktūrų biopanašios savitvarkės sistemos: sintezė, savybių tyrimai ir praktinis pritaikymas (2001–2015)“. Biomedicinos ir žemės ūkio mokslų srityje premija skirta Algirdui Augustaičiui už darbų ciklą „Aplinkos veiksnių kompleksiško poveikio miškų būklei ir produktyvumui dėsningumai globalios kaitos sąlygomis (2001–2015)“, technologijos mokslų srityje – Rymantui Jonui Kažiui, Liudui Mažeikai už darbų ciklą „Ultragarsinės matavimo, stebėsenos ir diagnostikos technologijos ekstremaliomis sąlygoms (2001–2015)“.